ファイルをどこにアップすればいいのかわかりません。

シングルドメインプランの場合、FTPソフトで最初に接続するフォルダがトップページのフォルダになります。
public_htmlフォルダやドメイン名のフォルダは存在いたしません。

マルチドメインプランの場合、「public_html」フォルダ内に転送してください。