下記の3個のファイルを設定（アップロード）していただくことで変更設定が可能となりますのでお試し下さい。

例）MAXアップロードサイズを20MBに変更

1. .htaccess
2. php.ini
3. .user.ini

各ファイルのソース

1. .htaccess

   <IfModule php5_module>
   php_flag asp_tags Off
   php_flag display_errors On
   php_value max_execution_time 30
   php_value max_input_time 60
   php_value max_input_vars 1000
   php_value memory_limit 32M
   php_value session.gc_maxlifetime 1440
   php_value session.save_path "/tmp"
   php_value upload_max_filesize 20M
   </IfModule>

2. php.ini

   allow_url_fopen = On
   allow_url_include = Off
   asp_tags = Off
   display_errors = On
   enable_dl = On
   file_uploads = On
   max_execution_time = 30
   max_input_time = 60
   max_input_vars = 1000
   memory_limit = 32M
   session.gc_maxlifetime = 1440
   session.save_path = "/tmp"
   upload_max_filesize = 20M

3. .user.ini

   asp_tags = Off
   display_errors = On
   max_execution_time = 30
   max_input_time = 60
   max_input_vars = 1000
   memory_limit = 32M
   session.gc_maxlifetime = 1440
   session.save_path = "/tmp"
   upload_max_filesize = 20M

ファイルは3個すべてアップロードして下さい。